V současné době jsou varhany nefunkční.
„Uskutečnil se restaurátorský průzkum jak varhanního nástroje, tak i varhanní skříně a oba pak byly podkladem pro vypracování restaurátorských záměrů. K jejich schválení orgánem státní památkové péče došlo v minulém roce," přiblížil místostarosta města Jaroslav Zatloukal. Útvar městského architekta na uherskohradišťské radnici mohl následně v prosinci 2021 zadat veřejnou zakázku na restaurování této památky. O práci se ucházel zkušený varhanář a restaurátor Petr Stehlík z Hodonína, který všechny náležitosti zakázky splnil.
„Očekáváme, že práce započnou v únoru a dílo by mělo být dokončeno v listopadu letošního roku. Obnova bude stát takřka dva miliony korun," doplnil místostarosta Zatloukal. Město požádá o pomoc s financováním Zlínský kraj, a to z Programu na podporu stavební obnovy a restaurování kulturních památek a památek místního významu. V případě úspěšného posouzení žádosti by dotace mohla dosáhnout tří set tisíc.
Varhany v kostele Nanebevzetí Panny Marie v Mařaticích jsou movitou kulturní památkou, umístěnou v kostele mezi lety 1850 až 1858. Jejich autorem je zdounský varhanář Antonín Salinger a zdejší varhany jsou zřejmě posledním dochovaným nástrojem z jeho dílny (další jeho varhany, ve Vlkoši, byly totiž v průběhu 20. století razantně upraveny a přestavěny). Podle donační desky umístěné na zdi kostela proběhla v roce 1933 díky rodině Stanclově rekonstrukce nástroje. Některé technické prvky varhan byly měněny v závěru 20. století.
Kostel Nanebevzetí Panny Marie, jehož vznik se datuje mezi léty mezi léty 1610-1614, a který tvoří dominantu městského hřbitova, je hodnotnou, pozdně renesanční stavbou s některými raně barokními formami. Kostel byl několikrát opravován, poslední oprava v jeho novodobé historii probíhala od roku 2008.
