Obnovy se dočkal také historicky mimořádně hodnotný, přes 270 let starý hlavní oltář kostela.

Práce začaly v roce 2008 statickým zajištěním, vybudováním systému sanace vlhkosti zdiva, včetně nové provětrávané konstrukce podlahy. „Kostel byl dlouhodobě neudržovaný, a také proto již vykazoval řadu stavebně technických problémů a poruch. Nyní má za sebou mimořádně náročné komplexní opravy doslova od základů až po střechu. Jsem rád, že se opravy kostela podařilo dokončit u příležitosti 400. výročí jeho výstavby," konstatoval místostarosta města Uherské Hradiště Stanislav Blaha.

Významným počinem bylo ale především restaurování oltáře. Na počátku stavebních prací v roce 2008 se v interiéru kostela nacházelo pouze torzo původního barokního díla 
z roku 1740 – dřevěná menza, přesněji obklad zděného jádra menzy, oltářní nástavec a dva boční pilastry. Nejhodnotnější součást oltáře – sochařská výzdoba – byla objevena v podkroví fary na Masarykově náměstí č. p. 36 a svatostánek 
v depozitáři za lodí farního kostela na Masarykově náměstí.

Podstatou restaurátorského zásahu bylo navrácení původní podoby oltáři, z něhož se do doby před rekonstrukcí zachovalo v interiéru kostela pouhé torzo. Figurální a dekorativní výzdoba byla odstrojena (zřejmě v 80. letech minulého století) a odnesena mimo objekt kostela. Součástí zásahu bylo sejmutí všech barevných vrstev, které byly na architekturu i výzdobu oltáře v průběhu let naneseny, až na původní barokní. Výsledkem je prezentace původní barokní podoby oltáře. Ten je movitou kulturní památkou a je veden v Ústředním seznamu kulturních památek ČR.