Dne 22. června 1941 byla budova přepadena skupinou gestapa a místních členů Vlajky a totálně zdemolována. Za své vzalo veškeré vnitřní vybavení, varhany, křišťálový lustr, bohoslužebné náčiní, matriky, otlučeny byly židovské symboly. Trosky byly polity benzínem a zapáleny, ale protože se nepodařilo celou budovu vypálit, žhářský pokus byl zopakován 12. srpna. Hasičským sborům nebylo povoleno hořící budovu hasit, a tak vydrancovaná synagoga zůstala v ruinách.

V listopadu téhož roku tyto ruiny zakoupilo město za 30 tisíc korun a určilo je ke zbourání. Po druhé světové válce bylo rozhodnuto, že budova bude místo zbourání zrekonstruována jako kulturní dům. Sídlit zde měla Slovácká filharmonie, pěvecké sdružení Svatopluk a veřejná knihovna. Rekonstrukci provedli brigádnicky členové těchto organizací. Veřejná knihovna zabírala přízemí budovy a byla otevřena v září 1951. Z původního interiéru synagogy se dochovaly pouze zdobené nosné litinové sloupy.

Dne 7. března 1966 celá budova vyhořela.

V následujících dvou letech podstoupila další rekonstrukci a od této doby všechny její prostory slouží výhradně veřejné knihovně. Během ničivých povodní v červenci 1997 bylo přízemí knihovny zaplaveno vodou a celá budova utrpěla značné škody. Opravy vrátily budovu do podoby, jakou měla v roce 1904. Původně to byla totiž stavba se sedlovou střechou s jednoduchými hladkými průčelími s trojúhelnými štíty lemovanými dekorativní římsou. V roce 1904 došlo k jejímu rozšíření a secesní úpravě, včetně doplnění kupole.

Na sklonku roku 1999 byla budova synagogy prohlášena nemovitou kulturní památkou. V září 2002 byla dokončena rekonstrukce fasády, která nyní nese původní barvu a částečně obnovené ozdobné prvky.

Nejbližší akce11. února: Mluvená historie šoa přednáší Zuzana Prudilová z židovského muzea
18. března: Židovské zvyky přednáší Kateřina Suchánková