Oficiálním hracím dnem je středa 27. září, ale termín utkání se ještě může po dohodě klubů změnit.

Původní středeční los se musel opakovat kvůli chybě, kterou způsobila fotbalová asociace při nasazování jednotlivých celků. Špatný výklad pravidel totiž místo Zbrojovky Brno nasadil pražskou Duklu.

„Ještě jednou se omlouváme všem klubům i fanouškům a sponzorům. Možnosti byly tři - nechat platný středeční los, prohodit dotčené týmy a třetí možností bylo los zopakovat. Po komunikaci s kluby i z pohledu právního aspektu jsme se rozhodli i z důvodu zachování regulérnosti soutěže los zopakovat," uvedl v přímém přenosu první místopředseda FAČR Jiří Šidliák.

V osudí pro třetí kolo bylo sedmadvacet vítězů druhého kola a pět prvoligových týmů, které vstoupí do soutěže až právě ve třetím kole. Jde o Spartu, Slavii, Plzeň a Bohemians coby české zástupce v soutěžích UEFA a Liberec coby vítěze prostřední části minulého ligového ročníku.

Los 3. kola fotbalového MOL Cupu (úřední hrací termín 27. září)
Domažlice - Jablonec, Kladno - Liberec, Kolín - Bohemians Praha 1905, Mariánské Lázně - Plzeň, Zápy - Ostrava, Uničov - Zlín, Jihlava - Hradec Králové, Mladá Boleslav - Prostějov, Velvary/Vlašim - Pardubice, Slovácko - Dukla Praha, Žižkov - Olomouc, Kroměříž - Slavia Praha, Vyškov - Teplice, Líšeň - Sparta Praha, Opava - Brno, České Budějovice - Chrudim.